题目：高原山鹑、藏雪鸡和藏马鸡全线粒体基因组序列的测定和系统发生分析

雉科作为鸡形目最大的科具有重要的经济和理论研究价值。随分子生物学技术和理论的应用，雉科各类群的系统发生研究有了长足进展，同时对一些传统分类观点提出了新的挑战。现生雉科鸟类经历了一次快速辐射进化事件，这造成了系统树重建工作的困难，而雉科内部的一些属的分类关系仍然有争议。
参照近缘物种线粒体基因组序列设计了6对引物，采用L-PCR方法扩增产物，采取引物步移法测得高原山鹑（Perdix hodgsoniae）、藏雪鸡（Tetraogallus tibetanus）和藏马鸡（Crossoptilon harmani）三种雉科鸟类的线粒体全基因组序列，并比较了三种雉科鸟类的基因排布顺序、碱基组成偏向性以及蛋白质编码基因的密码子使用情况。同时结合GenBank收录的23条雉科鸟类线粒体的全基因组序列，以珠鸡（Numida meleagris，NC_006382）为外群，分别采用最大似然法、贝叶斯推论法以及简约法对雉科鸟类的系统发生关系进行了研究。主要结论如下：
1.??? 高原山鹑、藏雪鸡和藏马鸡线粒体基因组全长分别为16698 bp、16686 bp和16682 bp，均包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个t RNA基因和1个非编码调控区。与多数鸟类线粒体基因组一样，Cytb和12S rRNA 之间的基因顺序为Cytb/tRNAThr/tRNAPro/ND6/ tRNAGlu/D-loop/tRNAPhe/12S rRNA。
2.??? 13个编码蛋白基因最常用的起始密码子是ATG，但COI基因均为GTG，最常用的终止密码子是TAA、TAG，其中TAA居多，此外COI终止密码子为AGG，藏马鸡ND6终止密码子也为AGG，COIII和ND4中为不完全终止密码子T。
3.??? 高原山鹑、藏雪鸡和藏马鸡12S rRNA序列长度分别为964 bp、974 bp以及964 bp，16S rRNA序列长度分别为1609 bp、1605 bp以及1609 bp。12S rRNA和16S rRNA基因位于tRNAPhe和tRNALeu(UUR)之间，由tRNAVal基因分开。
4.??? 高原山鹑、藏雪鸡和藏马鸡mtDNA能够编码22种tRNA，除tRNASer( AGY ) 以外，所有tRNA二级结构均能形成典型的三叶草结构，茎区序列中存在许多G–U错配，这种错配方式对于tRAN二级结构的稳定性非常重要。控制区位于tRNAPhe和tRNAGlu之间，序列长度分别为1150bp、1155bp以及1146bp，AT含量分别为58.8%、59.7% 以及58.3%。
5.??? 利用最大简约法、最大似然法和贝叶斯法对26种雉科鸟类不同的数据集进行了系统发生分析。结果显示：雉科内部的分类关系为((Coturnix+Tetraogallus)+((((((Lophura+Crossoptilon)+ Phasianus)+ Syrmaticus)+Perdix)+ (Lophophorus + Tragopan) )+((Gallus + Bambusicola)+ Francolinus)))，而山鹧鸪属却远离其他雉科鸟类。灰孔雀雉属和孔雀属的分支地位难确定。
6.??? 传统分类将雉科鸟类分为鹑亚科和雉亚科两大支，而本研究不支持传统的分类系统。线粒体基因组核苷酸和氨基酸序列的分析均有力支持鹇属、鹑属、长尾雉属、原鸡属的单系性。鹇属、马鸡属、雉属亲缘关系较近；虹雉属和角雉属亲缘关系较近；原鸡属、竹鸡属、鹧鸪属亲缘关系较近；鹑属和雪鸡属亲缘关系较近。
7.??? PCG、rRNA、D-loop、All、PCG1+2以及H-chain数据集系统发生树的KH、SH检验中显示P>0.05，即树之间并没有显著差异，表明这些树的拓扑结构很好的解释了研究数据。评价基因功效方面，种间水平上，ND5和ATP6的核苷酸和氨基酸序列较好；属间水平上，ND4 和ND5的核苷酸和氨基酸序列较好，而Cytb和ND4L较差。综合种和属水平的研究，ND4和ND5的核苷酸序列和氨基酸序列性能最好。
8.??? 对原鸡属、竹鸡属和鹧鸪属作了分子测年计算，ND5基因以及Cytb基因在1+2Ts核苷酸替代模型下所计算的原鸡属/竹鸡属的分歧时间分别为（33.9579±4.5277）*106aBP以及（36.2350±7.8771）*106aBP，ND5基因在1+2+3Ts核苷酸替代模型下所计算的鹧鸪属/竹鸡属+原鸡属的分歧时间为（40.9843±8.6145）*106aBP。