问题:
关键词:东亚飞蝗,亚洲飞蝗,西藏飞蝗,线粒体基因组,种群基因组学
● 参考解析
本研究采用长PCR和Sub-PCR相结合的方法,测定了中国飞蝗的四个种群——西藏飞蝗、亚洲飞蝗的松潘种群、东亚飞蝗的临沧种群和香格里拉种群的线粒体基因组序列,并进行了组装、注释和分析。比较分析了西藏飞蝗、亚洲飞蝗的松潘种群和新疆种群、东亚飞蝗的临沧种群和香格里拉种群、海南种群、非洲飞蝗的线粒体基因组序列,并研究了七个种群的系统发育关系。主要结论如下:
1. 四个飞蝗种群线粒体基因组全序列长度分别为:西藏飞蝗15903 bp,亚洲飞蝗的松潘种群15901 bp,东亚飞蝗的临沧种群15886 bp,香格里拉种群15898 bp。四个飞蝗种群线粒体基因组均编码37个线粒体基因(13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因)和并有长度为1033~1034 bp的A+T丰富区。
2. 西藏飞蝗、亚洲飞蝗的松潘种群、东亚飞蝗的临沧种群和香格里拉种群的线粒体基因组全序列、蛋白编码区、tRNA和rRNA均具有A/T偏向性。临沧种群的线粒体全基因组的A+T含量最高,为77.5%,西藏飞蝗的线粒体全基因组A+T含量最低,为75.3%。
3. 西藏飞蝗、亚洲飞蝗的松潘种群、东亚飞蝗的临沧种群和香格里拉种群的线粒体基因组的具有相似的同义密码子使用偏向性。线粒体基因组中同义密码子的使用与基因组所编码的tRNA反密码子匹配情况关系不大,而与密码子第三位点的碱基组成紧密相关。密码子第三位点为A或T的氨基酸的使用频率最高。
4. 西藏飞蝗、亚洲飞蝗的松潘种群、东亚飞蝗的临沧种群和香格里拉种群线粒体基因组的蛋白编码基因中,CO1基因起始密码子均为特殊起始密码子ATTA,ND5基因终止密码子均为不完全终止密码子T。其余基因的起始密码子均为ATN,终止密码子均为TAA或TAG。
5. 西藏飞蝗、亚洲飞蝗的松潘种群、东亚飞蝗的临沧种群和香格里拉种群线粒体基因组的tRNA除tRNASer(S-AGN)均缺少DHU臂外,其余均能形成典型的三叶草二级结构。tRNA二级结构均存在一定数目的碱基错配现象。大部分为G-U错配,其他错配较少。
6. 西藏飞蝗、亚洲飞蝗的松潘种群和新疆种群、东亚飞蝗的临沧种群、香格里拉种群、海南种群、非洲飞蝗的线粒体基因组控制区均具有保守模块Block A、Block B、Block E1、Block E2、和Block F。Block E1、Block E2两个区域同它们之间的序列可以形成茎环二级结构,参与复制起始的调控。
7. 非洲飞蝗(Locusta migratoria migratorioides)与西藏飞蝗(Locusta migratoria tibetensis)为姐妹群;东亚飞蝗(Locusta migratoria manilensis)的3个种群并未形成单系群,而是与非洲飞蝗和西藏飞蝗组成单系群,拥有共同的祖先,该起源与亚洲飞蝗(Locusta migratoria migratoria)不同。
8. 松潘种群与新疆种群为一个单系群。松潘种群不是东亚飞蝗(Locusta migratoria manilensis),而应是亚洲飞蝗(Locusta migratoria migratoria)。
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